JCFS_CDAS_VRFYFITS

#!/bin/ksh
set -xa


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# Specify NET and RUN Name and model
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export NET=cfs
export RUN=cdas
export RUN1=cdas1

export host=${host:-`hostname | cut -c1`}
export jlogfile=${jlogfile:-/dev/null}

date
export PS4='$SECONDS + '

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# SETUP FITS TO OBS PROCESSING VARIABLES
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# obtain unique process id (pid) and make temp directory
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export pid=$$
export DATA=$DATAROOT/$job.$pid
mkdir -p $DATA
cd $DATA

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# Determine Job Output Name on System
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export pgmout="OUTPUT.${pid}"
export pgmerr=errfile
export cycle=t${cyc}z

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# VERBOSE  - Specify Verbose Output 
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export VERBOSE=${VERBOSE:-YES}

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# define cfs directories/scripts/executables            
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export EXECcfs=$HOMEcfs/exec
export PARMcfs=$HOMEcfs/parm 
export USHcfs=$HOMEcfs/ush  
export FIXcfs=$HOMEcfs/fix  

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# Define the config file
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export CDAS_CONFIG_FILE=${CDAS_CONFIG_FILE:-$PARMcfs/cfs_parm_am/cfs_cdas_config}

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# Run setpdy and initialize PDY variables
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sh setpdy.sh
. ./PDY

export CDATE=${CDATE:-${PDY}$cyc}
export YYYY=`echo $PDY |cut -c1-4`
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# Define COM directories
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export COMROT=$COMROOT/${NET}/${envir}
export  COMIN=$COMROOT/${NET}/${envir}/${RUN}.${PDY}
export COMOUT=$COMROOT/${NET}/${envir}/${RUN}.${PDY}
mkdir -m775 -p $COMOUT

export COMINIC=$COMROT/cdas.$PDYm1

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# Define GES directories
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export gespath=${gespath:-${GESROOT}/${envir}}
export GESdir=$gespath/cdas.${PDY}
export RESDIR=${RESDIR:-$GESdir}
mkdir -p $RESDIR

env

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# execute the updated fit script for cfs and gfs
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HOMEf2o=$HOMEcfs/Fit2Obs
EXECf2o=$HOMEf2o/exec
fitdir=$HOMEf2o/batrun

TMPDIR=$DATAROOT/fit2obs.$$; mkdir -p $TMPDIR
export OMP_NUM_THREADS=${FITOMP:-1}
export MPIRUN="mpirun -n 3"
export KMP_AFFINITY=disabled

export KEEPDATA=${KEEPDATA:-NO}

export NEMS=${NEMS:-YES}   
export PRVT=${PRVT:-$HOMEcfs/fix/cfs_fix_cdas/prepobs_errtable.global}
export HYBLEVS=${HYBLEVS:-$HOMEcfs/fix/cfs_fix_am/global_hyblev.l65.txt}

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# Run the fits for this time for the CFS and the GFS models 
# --------------------------------------------------------------
# The vars COM_INA and COM_INF are quoted strings which evaluate
# at runtime in Fit2Obs processing. They are 
# pathname templates which may need to be changed. Also the tags
# which cycle EXPNAM are preset configs for different models
# and they might be adjusted too.
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expnams=${expnams:-'GFS16 CFS22'}

for EXPNAM in $expnams ; do

if [[ $EXPNAM = GFS16 ]] ; then
   COM_INA='$COMROOT/gfs/prod/gdas.$PDY/$cyc/atmos'
   COM_INF='$COMROOT/gfs/prod/gfs.$fdy/$fzz/atmos'
   COMFIT=$COMROOT/gfs/prod
   OMP_NUM_THREADS=1
   RUN_ENVIR=netcdf
   ACPROFit=YES  
   CONVNETC=YES
fi
if [[ $EXPNAM = CFS22 ]] ; then
   COM_INA='$COMROOT/cfs/prod/cdas.$PDY'
   COM_INF='$COMROOT/cfs/prod/cfs/cfs.$fdy/$fzz/6hrly_grib_01'
   COMFIT=$COMROOT/cfs/prod
   OMP_NUM_THREADS=9 
   RUN_ENVIR=cfs 
   ACPROFit=NO   
   CONVNETC=NO
fi

ARCDIR=$DATA/$EXPNAM.fits
time $fitdir/runfits $EXPNAM $CDATE $COMFIT
err=$?; err_chk

# tar up the fits and save in COMROT/fit2obs

cd $ARCDIR
EXP=$(echo $EXPNAM|cut -c 1-3)
FITARC=$COMROT/fit2obs/${EXP}.fits/${YYYY}; mkdir -p $FITARC
tar -cf $FITARC/$EXP.fits.$CDATE *
chgrp rstprod $FITARC/$EXP.fits.$CDATE
chmod 640     $FITARC/$EXP.fits.$CDATE
err=$?; err_chk

done

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# msg end of job and clean up temperary directory
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cat $pgmout
msg="ENDED NORMALLY."
postmsg "$jlogfile" "$msg"

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# Remove the Temporary working directory
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cd $DATAROOT
if [ ${KEEPDATA:-NO} = NO ] ; then rm -rf $DATA ; fi

date