diff --git a/backend/dynamic_metadata.py b/backend/dynamic_metadata.py index d858b006cf..7be85d5009 100644 --- a/backend/dynamic_metadata.py +++ b/backend/dynamic_metadata.py @@ -39,6 +39,7 @@ def dynamic_metadata( "pytest-cov", "pytest-sugar", "dpgui", + "mendeleev", ], "docs": [ "sphinx>=3.1.1", diff --git a/deepmd/utils/econf_embd.py b/deepmd/utils/econf_embd.py new file mode 100644 index 0000000000..3940db65ba --- /dev/null +++ b/deepmd/utils/econf_embd.py @@ -0,0 +1,209 @@ +# SPDX-License-Identifier: LGPL-3.0-or-later +import numpy as np + +try: + import dpdata + from mendeleev import ( + element, + ) +except ImportError: + pass + +### +# made by command +# ret = make_econf_embedding(type_map, flatten=True) +# print_econf_embedding(ret) +### +# fmt: off +electronic_configuration_embedding = \ +{ kk: np.array(vv, dtype=np.int32) for kk,vv in { + "H" : [1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "He" : [2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Li" : [2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Be" : [2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "B" : [2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "C" : [2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "N" : [2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "O" : [2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "F" : [2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ne" : [2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Na" : [2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Mg" : [2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Al" : [2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Si" : [2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "P" : [2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "S" : [2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Cl" : [2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ar" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "K" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ca" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Sc" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ti" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "V" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Cr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Mn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Fe" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Co" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ni" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Cu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Zn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ga" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ge" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "As" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Se" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Br" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Kr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Rb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Sr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Y" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Zr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Nb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Mo" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Tc" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ru" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Rh" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Pd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ag" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Cd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "In" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Sn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Sb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Te" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "I" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Xe" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Cs" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ba" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "La" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ce" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Pr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Nd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Pm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Sm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Eu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Gd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Tb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Dy" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ho" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Er" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Tm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Yb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Lu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Hf" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ta" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "W" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Re" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Os" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Ir" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Pt" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Au" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Hg" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Tl" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0], + "Pb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0], + "Bi" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0], + "Po" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0], + "At" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0], + "Rn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0], + "Fr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,1], + "Ra" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Ac" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], + "Th" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,1,0,0,0,2], + "Pa" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], + "U" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], + "Np" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], + "Pu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Am" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Cm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], + "Bk" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Cf" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Es" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Fm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Md" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "No" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2], + "Lr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2], +}.items()} +# fmt: on + +ln_to_lett = { + 0: "s", + 1: "p", + 2: "d", + 3: "f", + 4: "g", +} +lett_to_ln = {vv: kk for kk, vv in ln_to_lett.items()} + +conf_keys = [ + (1, "s"), + (2, "s"), + (2, "p"), + (3, "s"), + (3, "p"), + (3, "d"), + (4, "s"), + (4, "p"), + (4, "d"), + (4, "f"), + (5, "s"), + (5, "p"), + (5, "d"), + (5, "f"), + (6, "s"), + (6, "p"), + (6, "d"), + (7, "s"), +] + +maxn = 7 +maxl = maxn +maxm = 2 * maxl + 1 + +type_map = dpdata.periodic_table.ELEMENTS + + +def make_empty_list_vec(): + ret = {} + for kk in conf_keys: + ll = lett_to_ln[kk[1]] + ret[kk] = np.zeros([2 * ll + 1], dtype=np.int32) + return ret + + +def flatten_list_vec(lv): + ret = np.array([], dtype=np.int32) + for kk in conf_keys: + ret = np.append(ret, lv[kk]) + return ret + + +def make_element_embedding_list_vec( + ename: str, +) -> np.ndarray: + """Compute the embedding of one element.""" + ret = make_empty_list_vec() + ele = element(ename) + ec = ele.ec + occ = ec.spin_occupations() + for kk, vv in occ.items(): + assert kk in conf_keys + for ip in range(vv["pairs"]): + ret[kk][ip] = 2 + for iu in range(vv["pairs"], vv["pairs"] + vv["unpaired"]): + ret[kk][iu] = 1 + return ret + + +def make_econf_embedding(types, flatten=True): + all_ret = {} + for ii in types: + ir = make_element_embedding_list_vec(ii) + if flatten: + ir = flatten_list_vec(ir) + all_ret[ii] = ir + return all_ret + + +def print_econf_embedding(res): + for kk, vv in res.items(): + vvstr = ",".join([str(ii) for ii in vv]) + space = " " * (2 - len(kk)) + print(f'"{kk}"{space} : [{vvstr}],') # noqa: T201 diff --git a/source/tests/common/test_econf_embd.py b/source/tests/common/test_econf_embd.py new file mode 100644 index 0000000000..97ac450c10 --- /dev/null +++ b/source/tests/common/test_econf_embd.py @@ -0,0 +1,47 @@ +# SPDX-License-Identifier: LGPL-3.0-or-later +import unittest + +from deepmd.utils.econf_embd import ( + electronic_configuration_embedding, + make_econf_embedding, +) + + +class TestEConfEmbd(unittest.TestCase): + def test_fe(self): + res = make_econf_embedding(["Fe"], flatten=False)["Fe"] + expected_res = { + (1, "s"): [2], + (2, "s"): [2], + (2, "p"): [2, 2, 2], + (3, "s"): [2], + (3, "p"): [2, 2, 2], + (3, "d"): [2, 1, 1, 1, 1], + (4, "s"): [2], + (4, "p"): [0, 0, 0], + (4, "d"): [0, 0, 0, 0, 0], + (4, "f"): [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], + (5, "s"): [0], + (5, "p"): [0, 0, 0], + (5, "d"): [0, 0, 0, 0, 0], + (5, "f"): [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], + (6, "s"): [0], + (6, "p"): [0, 0, 0], + (6, "d"): [0, 0, 0, 0, 0], + (7, "s"): [0], + } + self.assertDictEqual({kk: list(vv) for kk, vv in res.items()}, expected_res) + + def test_fe_flatten(self): + res = make_econf_embedding(["Fe"], flatten=True)["Fe"] + # fmt: off + expected_res = [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0] + # fmt: on + self.assertEqual(list(res), expected_res) + + def test_dict(self): + res = electronic_configuration_embedding["Fe"] + # fmt: off + expected_res = [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0] + # fmt: on + self.assertEqual(list(res), expected_res)