09: Retire root-level plugin infrastructure — delete src/, commands/, .codex-plugin/, clean root to pure workspace

[MatthewYe]

Parent

#47

Depends on

#56 (Move shared content assets into core) — must complete first

What to build

#56 完成后，根级旧插件的所有资产已迁入 packages/core/。本 issue 退役剩余的根级插件基础设施，将根目录退化为纯 monorepo workspace root。

删除清单

路径	说明	替代者
src/index.ts	根级 OpenCode plugin 入口	packages/opencode/src/index.ts
src/shared.ts	重复的 shared 逻辑	packages/core/src/shared.ts（#56 已处理）
src/generate-codex.ts	根级 Codex 生成器	packages/codex/src/index.ts
src/ 整个目录	所有 4 个文件	—
commands/	旧版手写 autopilot 命令	packages/opencode/commands/（模板拼接）
.codex-plugin/	根级 plugin.json	packages/codex/.codex-plugin/
templates/agents/	旧版 .toml agent 文件	packages/codex/.codex/agents/

清理清单

路径	操作	说明
skills/	删除上游技能副本，仅保留本地 4 个（skill-creator、opencode-plugin-scaffold、setup-autopilot、audit-autopilot）	构建脚本从 upstream/skills/ 独立复制
templates/	删除 AGENTS.md 和 agents/（已在 #56 迁移）	根 templates/ 清空后可删除目录

根 package.json 改造

退化为纯 workspace root：

- "name": "@matthewye/autopilot-toolkit",
+ "name": "autopilot-toolkit-monorepo",
+ "private": true,
- "main": "./dist/index.js",
- "files": [...],
- "dependencies": {
-   "@opencode-ai/plugin": "latest",
-   "adm-zip": "^0.5.17",
-   "gray-matter": "^4.0.3"
- },
- "devDependencies": {
-   "@types/adm-zip": "^0.5.8",
-   "@types/node": "latest",
-   ...
- },
  "scripts": {
-   "build": "... && bun build src/index.ts --outdir dist --target node && bun run src/generate-codex.ts",
+   "build": "bun run build:core && bun run build:opencode && bun run build:codex",
-   "dev": "bun run --watch src/index.ts",
    "test": "bun test",
    ...
  }

保留的 devDependencies：@biomejs/biome、@types/bun、typescript

根 skills/ 清理

删除可通过 upstream/skills/ 获取的上游技能副本（约 20+ 个目录），仅保留 4 个本地原创技能。

Acceptance criteria

• 根 src/ 目录完全删除
• 根 commands/ 目录完全删除
• 根 .codex-plugin/ 目录完全删除
• 根 templates/agents/ 删除（AGENTS.md 已在 08: Move shared content assets into core package #56 迁移）
• 根 skills/ 仅含 4 个本地技能，无上游副本
• 根 package.json 退化为纯 workspace root（private: true，无 main/files/dependencies）
• bun run build 全量通过
• bun test 全部通过
• bun run lint:autopilot 无回归
• git status 无意外 untracked/staged 文件

Blocked by

#56

[MatthewYe]

✅ RESOLVED

IMPLEMENTER_REPORT:
ROUND: 0
STATUS: DONE
CHANGED_FILES: 删除 src/ (4 files), commands/ (6 files), .codex-plugin/ (1 file), templates/agents/ (3 files), skills/ 上游副本 (~25 dirs). 更新 package.json 为纯 workspace root. 新增 packages/core/agents/, principles/, templates/AGENTS.md, integration.test.ts
SUMMARY: 根目录退化为纯 monorepo workspace root。根 skills/ 仅保留 4 个本地技能。构建通过。测试 55 pass (5 pre-existing timeouts same baseline)。