docs: unify MCP setup examples across agent IDEs

[sawrus]

Motivation

• Упростить и унифицировать инструкции по подключению MCP из разных Agent IDE, чтобы избежать дублирования и уменьшить вероятность расхождений между примерами.
• Сделать единую каноническую точку правды для запуска контейнера (синхронизированную с test/mcp_configure.sh) и явно указать требования по transport, volume, root_dir и правам для apply_llm_output.

Description

• Добавлена новая секция ## Подключение MCP в разные Agent IDE с каноническим docker run --rm -i ... шаблоном (transport stdio).
• Для Codex, Cursor, Claude Code и VS Code / GitHub Copilot Agent Mode добавлены отдельные подпункты с минимальными рабочими конфигурациями, которые используют один и тот же docker-template и отличаются только форматом вставки под конкретную IDE.
• Сформулированы общие требования: указание transport, примеры volume-монтажа (mapping :ro, projects :rw), указание что root_dir — путь внутри контейнера и что для apply_llm_output проект должен быть смонтирован с :rw.
• Существующая секция ## Подключение в Codex обновлена, чтобы HTTP-вариант остался доступен, а stdio-вариант ссылался на новый общий шаблон вместо дублирования полного docker-конфига.

Testing

• Выполнена проверка изменений в документации с помощью git diff --check и других локальных diff-проверок, ошибок не обнаружено.
• Подтверждена синхронизация канонического шаблона с test/mcp_configure.sh (docker-template совпадает).
• Проверено, что новая секция содержит требуемые явные указания по transport, примерам команд/конфигов, volume-монтажам, root_dir внутри контейнера и требованию :rw для apply_llm_output.

---

Codex Task